南林的校徽由水杉叶、水杉球果和南林大的英文缩写三部分构成。是由原林学系张世经老师设计。1991年，南林为筹备1992年的四十周年校庆，向全校师生征集学校标志图案。第一次征集了55个，第二次又征集了64个，共计119个，后经过学校领导和教职工代表投票，选出了3个标志图案（张世经2个，徐雷1个）。1992年5月，经校长办公会研究，确定张世经设计的以水杉树叶、球果为主要构成的图案为学校标志图案，即现在使用的校徽。南林校徽以水杉树叶、果为主要构成，其寓意主要是为了纪念郑万钧。郑万钧是南林首任校长，四十年代发现并定名第四纪孑遗植物。有"活化石"之称的水杉，被誉为植物界二十世纪最重大的科学发现。水杉发现后，栽培遍及大江南北。将水杉绘成校徽，表示让南林后人缅怀、学习郑万钧校长热爱祖国，献身科学与教育的崇高精神。同时也寓意南林的教学、科研、人才培养等工作，根深叶茂，硕果累累。